O museu foi um mosteiro da Ordem Dominicana feminina e é hoje um importante museu, detentor de um acervo diversificado com particular enfoque na arte de temática ou função sacra.
As estruturas conventuais foram integradas no Museu de Aveiro, e saliente-se a Igreja de Jesus com a sua rica talha dourada e revestimento azulejar, cuja capela-mor (obra portuense, 1725-29) foi realizada pelos entalhadores e escultores António Gomes e José Correia e pelo pintor Manuel Ferreira e Sousa.
O coro interior enquadra o túmulo de Princesa Santa Joana, do arquiteto régio João Antunes (1699-1711), obra prima do barroco em mármores policromos com elementos escultóricos ao gosto italiano, em consonância com a decoração parietal envolvente, em talha e azulejo, o claustro (séculos XV-XVI), e o refeitório com a sua graciosa tribuna de leitura e paredes revestidas a azulejo.
As coleções do Museu integram núcleos de pintura, escultura, talha, azulejaria, ourivesaria, mobiliário e paramentaria predominantemente de temática ou função sacra são em grande parte provenientes do Convento de Jesus ou de outras instituições monásticas extintas de Aveiro e do País, documentando épocas diversas.
As inúmeras obras que integram o acervo ilustram um percurso artístico que vai desde o século XV ao século XX, com particular incidência no período barroco, destaca-se a importante coleção de arte portuguesa desse período.
Entre outras obras de relevo assinalam-se ainda o túmulo gótico do cavaleiro D. João de Albuquerque, senhor de Angeja, a sala-santuário da Princesa Santa Joana (cujo conjunto de pinturas se integra num profuso revestimento em talha dourada), a Sagrada Família, de Machado de Castro, ou o retrato da Princesa Santa Joana(séc. XV).